飛納桌面掃描電鏡分為鏡體和電源電路系統兩部分。鏡體部分由電子光學系統、信號收集和顯示系統以及真空抽氣系統組成。掃描電鏡由電子槍發射出來的電子束，在加速電壓的作用下，經過磁透鏡系統匯聚，形成直徑為5nm，經過二至三個電磁透鏡所組成的電子光學系統，電子束會聚成一個細的電子束聚焦在樣品表面。在末級透鏡上邊裝有掃描線圈，在它的作用下使電子束在樣品表面掃描。
電子光學系統由電子槍，電磁透鏡，掃描線圈和樣品室等部件組成。其作用是用來獲得掃描電子束，作為信號的激發源。為了獲得較高的信號強度和圖像分辨率，掃描電子束應具有較高的亮度和盡可能小的束斑直徑。
檢測樣品在入射電子作用下產生的物理信號，然后經視頻放大作為顯像系統的調制信號。現在普遍使用的是電子檢測器，它由閃爍體，光導管和光電倍增器所組成。
飛納桌面掃描電鏡用于造紙業的時候，要想觀察到紙張或漿張內纖維的微細結構，只需將風干試樣固定在樣品臺上，利用真空鍍膜法在要觀察的樣品表面覆蓋一層金屬（通常采用鍍金，主要為了導走入射電子束流，避免樣品表面荷電）后，即可在掃描電鏡中觀察和拍照。
對制漿進行分析：
1、可以對兩種漿進行對比分析，并結合成漿物理指標做出解釋
2、細胞壁形態變化
3、帶狀纖維數量
4、纖維彎曲、扭轉狀態
5、纖維分離程度
對紙張進行分析：
1、加入添加劑前后纖維的變化等信息
2、原漿纖維以及處理后纖維的光滑程度
